コラム７ 　【税務調査で指摘されやすい】法人税申告のよくある誤り10選｜

大規模法人においても、

「意図的な誤り」ではなく、整合性のズレや制度理解の不足による申告誤りが多数確認されています。

国税庁公表資料によれば、一定の共通項目に関する誤りが確認されています。

本記事では、実務の視点で「どこを見落としやすいのか」を整理します。

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① 外国税額控除 ― “税引後所得”と“条約税率”が盲点

よくある誤り

国外源泉所得が税引後ベースになっていない

外国法人税に該当しない税を含めている

租税条約の限度税率を超過

実務ポイント

✔ 「控除できる税」かどうかの判定

✔ 国外源泉所得の算定根拠資料の保存

✔ 条約税率との突合

海外子会社が増えるほど、税務ロジックの誤りは発生しやすくなります。

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② 法人税額・地方法人税 ― “資本金判定”と“中間税額”

よくある誤り

中間申告分税額の記載ミス

資本金1億円超にもかかわらず軽減税率適用

地方法人税の計算誤り

実務ポイント

✔ 判定基準は事業年度終了時点

✔ グループ再編・増資があった年度は要注意

✔ 中間納付額との突合

資本金判定ミスは、複数制度に波及します。

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③ 別表四・別表五（一） ― 財務諸表との整合性

よくある誤り

利益積立金額とBSの不一致

過年度加算項目の戻し忘れ

配当額と株主資本等変動計算書の不一致

実務ポイント

✔ 「BS ⇄ 別表五（一）」の突合

✔ 「別表四 ⇄ 個別明細」のリンク確認

✔ 配当決議資料との照合

調査では“ロジック”より先に“整合性”が見られます。

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④ 受取配当の益金不算入 ― 株式区分の誤認

よくある誤り

非支配目的株式等の誤分類

その他株式等の誤分類

実務ポイント

✔ 保有目的の文書化

✔ 持株比率・取得経緯の確認

✔ 区分と不算入率の対応関係整理

配当＝一律処理ではありません。

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⑤ 租税公課（別表五（二）） ― 別表四との連動漏れ

よくある誤り

事業税等のプラス表示を別表四で減算していない

納税充当金とBSの不一致

実務ポイント

✔ 別表五（二）の増減と別表四の連動確認

✔ 決算整理仕訳との整合

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⑥ 役員給与 ― 税務区分で管理できているか

よくある誤り

定期同額・事前確定・業績連動のいずれにも該当しない給与を損金算入

実務ポイント

✔ 支給前に税務区分を明確化

✔ 届出書控えの保存

✔ 月次変更履歴の管理

役員給与は形式要件で否認されます。

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⑦ 減価償却 ― “中小判定”の誤適用

よくある誤り

中小企業者等でない法人が特別償却を適用

実務ポイント

✔ 制度ごとに判定基準を確認

✔ グループ会社の影響確認

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⑧ 留保金課税 ― 配当の記載漏れ

よくある誤り

別表三(一)の11欄（当期末配当等の額）に、当事業年度中に基準日があり、当事業年度

終了の日の翌日から決算確定の日までに決議があった配当等の額を記載していなかった。実務ポイント

✔ 配当基準日の整理

✔ 決算確定日との時系列確認

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⑨ その他税額控除 ― 制度要件の誤認

よくある誤り

中小企業限定制度の誤適用

実務ポイント

✔ 要件チェックリストの作成

✔ 資本金・グループ判定の再確認

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⑩ 試験研究費税額控除 ― 会計と税務の混同

よくある誤り

会計上の研究費をそのまま入力

実務ポイント

✔ 申告調整後の税務上金額で計算

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調査で見られるのは「悪意」ではなく「管理体制」

調査課所管法人において指摘される多くの誤りは、

❌ 脱税行為

ではなく

⚠ 管理プロセス・整合性の不備

です。

つまり、再発防止の仕組みがあるかどうかが評価ポイントになります。

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BASE ONEのサポート内容

BASE ONE税理士法人では、

✔ 別表間整合性レビュー

✔ 税額控除・外国税額控除のロジック検証

✔ 中小判定・グループ判定の横断チェック

✔ 申告前レビュー（セカンドオピニオン）

を実施しております。

特に、

外資系グループ会社、上場企業（IPO）、オーナー企業

再編・増資・M&Aがあった年度

税額控除を多用している法人

では、事前レビューの有効性が高まります。

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▶ 経理責任者・税務担当者の皆様へ

申告書提出後の修正ではなく、

提出前の構造的レビューを行いませんか。

 

 

※本コラムは、税務調査や過去処理に関する考え方を
**BASE ONE税理士法人**への実際の相談事例をもとに構成しています。
実際の対応や判断は、会社の状況によって異なるため、
個別のケースについては専門家へご相談ください。